隨著城鄉(xiāng)經(jīng)濟體制改革的進展，科學技術(shù)體制和教育體制的改革也提上日程。1985年3月，中共中央作出關于科學技術(shù)體制改革的決定，5月又作出關于教育體制改革的決定，為科技體制和教育體制改革明確了任務和方向。全面改革的開展進一步激發(fā)了廣大科技工作者的積極性。1986年3月，王大珩、王淦昌等科學家向黨中央提出跟蹤世界先進水平、發(fā)展高技術(shù)的建議(后稱“八六三計劃”)。鄧小平等領導人很快作出批示。11月，中共中央、國務院決定實施發(fā)展高技術(shù)的“八六三計劃”，我國的科技事業(yè)得到極大推動。八十年代中后期，每秒一億次的“銀河”計算機系統(tǒng)、高能加速器北京正負電子對撞機、重離子加速器、同步輻射實驗室、運載火箭發(fā)射衛(wèi)星等一批高科技成果達到世界先進水平。教育事業(yè)也在改革中得到全面發(fā)展。根據(jù)鄧小平1983年10月提出的“教育要面向現(xiàn)代化，面向世界，面向未來”的指示，教育改革主要是擴大學校的辦學自主權(quán)，調(diào)整教育結(jié)構(gòu)，改革教育的內(nèi)容和方法，努力多出人才，出好人才。為此，教育事業(yè)經(jīng)費逐年提高，占國家財政支出的比重由1978年的6.79%上升到1986年的12.12%。全國開始有計劃地普及九年制義務教育，在青壯年中基本掃除文盲，各種形式的成人教育也得到很大發(fā)展，適應現(xiàn)代化建設需要的各類人才不斷涌現(xiàn)出來。
根據(jù)黨的十二大的決定，從1983年10月到1987年5月，分期分批進行了全面整黨。經(jīng)過這次整黨，初步改變了“文化大革命”遺留下來的黨內(nèi)思想、作風、組織不純的狀況，同時也積累了正確處理黨內(nèi)矛盾的經(jīng)驗，推動了新時期黨的建設。
面對改革開放和發(fā)展商品經(jīng)濟的新形勢，鄧小平一再提醒全黨:一定要保持清醒頭腦，堅持四項基本原則，警惕資本主義和封建主義腐朽思想的侵蝕，反對資產(chǎn)階級自由化；在進行經(jīng)濟體制改革的同時，必須同時推進社會主義民主和法制建設；在抓物質(zhì)文明建設的同時，決不能忽視社會主義精神文明建設；越是改革開放，越要注意防止消極腐敗現(xiàn)象的滋長，加強黨的自身建設。1985年9月，黨的全國代表會議通過了關于制定國民經(jīng)濟和社會發(fā)展第七個五年計劃的建議，增選了一批新的中央委員、候補中央委員、中央顧問委員會和中央紀律檢查委員會委員。鄧小平在會上指出，新老干部都要注意學習馬克思主義，努力針對新的實際，掌握馬克思主義基本理論，防止在日益復雜的斗爭中迷失方向，并強調(diào)當前的精神文明建設，首先要著眼于黨風和社會風氣的根本好轉(zhuǎn)。1986年9月，黨的十二屆六中全會專門作出決議，從社會主義現(xiàn)代化建設總體布局的高度，規(guī)定了社會主義精神文明建設的戰(zhàn)略地位、指導方針和根本任務，強調(diào)要用建設有中國特色社會主義的共同理想團結(jié)全國各族人民，提高整個中華民族的思想道德素質(zhì)和科學文化素質(zhì)。根據(jù)鄧小平一系列講話和黨中央的決議，全黨在努力推進物質(zhì)文明建設的同時，逐步加強社會主義精神文明建設，廣泛開展社會主義的思想道德教育、民主法制教育，促進各項文化事業(yè)蓬勃發(fā)展，提倡做有理想、有道德、有文化、有紀律的社會主義公民。
在執(zhí)行“兩個文明一起抓”方針的過程中，也出現(xiàn)了不一貫的情況。胡耀邦積極推進了改革開放和現(xiàn)代化建設，但未能對反對資產(chǎn)階級自由化給予應有的重視。1987年1月，中共中央政治局舉行擴大會議，批評了胡耀邦的上述失誤。會議批準胡耀邦辭去黨中央總書記職務的請求，推選趙紫陽為代理總書記。同年10月，黨的十二屆七中全會確認了這項決定。
全面改革和黨的領導的加強，推動了經(jīng)濟建設。1985年底，“六五”計劃全面和超額完成。五年間，國民生產(chǎn)總值從4470億元增加到8568億元，平均每年增長10%，超過原計劃每年增長4—5%的速度；全國居民平均消費水平從227元提高到406元，扣除物價上漲因素，平均每年提高8.7%，大大超過1953—1980年二十八年間平均每年提高2.6%的幅度。國民經(jīng)濟重大比例關系趨于協(xié)調(diào)，主要工農(nóng)業(yè)產(chǎn)品產(chǎn)量都有較大幅度增長，過去長期感到困擾的一些經(jīng)濟問題得到較好解決，為“七五”計劃的順利實施，為實現(xiàn)黨的十二大提出的奮斗目標，提供了有利條件。