1、歷史概述
20世紀60年代初，中日兩國就開始了民間科技交流，它是當時我國技術人員了解世界科技發展情況的重要渠道之一，一直延續到70年代。1972年9月29日，中日兩國實現邦交正常化。1978年日本政府同發展中國家進行科技合作的執行機構——日本國際協力事業團開始同我國建立聯系，1979年經國務院批準，由原國家科委同日本外務省及其所屬日本國際協力事業團建立了技術合作關系。這種合作是以日本向中方轉移技術為其特征的所謂“垂直式”的技術合作。1980年5月，中日兩國政府簽訂了《中日科技合作協定》，開始了兩國政府間以合作研究為特征的所謂“水平式”的科技合作。中日兩國的科技交流與合作發展迅速，規模不斷擴大，形成了多形式、多渠道、官民并舉的局面，是中日友好關系的重要組成部分之一。特別是在應用技術合作方面，成績顯著，為我國的社會經濟發展、科技進步起到了積極作用。
2、政府間合作
中日兩國政府間的科技合作與交流以及科技協定等政府間協定下的合作逐步展開。現在中日政府間的科技合作主要包括：《中日科技合作協定》、《中日環保合作協定》、通過日本國際協力事業團（JICA）的技術合作、兩國政府科技部門對口合作、《中日核能合作協定》等5個方面。雙方部門間多層次定期交流規模在擴大，有實質內容的合作項目也有所增加。雙方在基礎科學、地球環境、軟科學方面的合作呈上升趨勢。科技人員往來有所增加，如農業部、建設部、信息產業部、交通部、鐵道部、中國科學院等都與日方建立了對口合作交流關系，定期或不定期地舉行高層對話，交流經驗，探討合作，對促進兩國部門間科研人員的交流，開展合作研究等發揮了很好的作用。
近年來隨著中日兩國高層互訪也促進了中日兩國在科技領域的合作。1998年11月國家主席江澤民訪日期間，中日雙方簽訂了《中日關于在科學與產業技術領域開展交流與合作的協定》、《中日面向二十一世紀的環境合作的聯合公報》，還確定了包括科技項目在內的33個具體合作項目。2000年10月朱镕基總理訪日期間又簽訂了《中日風送沙塵的形成、輸送機制及其對氣候和環境影響的研究》協議。2003年10月溫家寶總理出席了中日韓領導人第五次會晤，與日本首相小泉純一郎、韓國總統盧武鉉共同發表了《中日韓推進三方合作聯合宣言》。闡明了新世紀進一步促進和加強三方合作的重要意義。為切實推進實質性合作，三國領導人強調，三國有必要本著循序漸進、先易后難，不斷拓展、日益深化的方式，在九大領域中拓展并深化三方合作。其中涉及到知識產權保護、信息通信產業合作、環境保護合作、防災治災合作、能源合作、科技合作、漁業資源保護等多項與科技有關的合作領域。通過國家領導人出訪簽訂科技合作協定、協議既豐富了我國家領導人出訪成果，又增進了中日兩國科技界的合作，并為拓展中日在高新技術領域的合作打下了良好的基礎。目前上述合作協定、協議正在順利實施。
2003年2月中日科技合作聯合委員會第十次會議在日本東京召開。本次會議的目的是轉變中日合作理念、加強項目合作質量、提升中日合作關系，取得了積極的成果：雙方認為，中日科技合作，不僅對兩國，對東亞地區以及整個世界的發展具有重要意義。今后雙方應在互信的基礎上，本著“平等、互利”的原則，著重開展高水平的合作和高層次的交流，鼓勵雙方的大學、研究機構和產業界積極參加合作。雙方約定，今后日本民間機構和企業將作為“合作機構”參與政府間的項目合作，享受國公立機構的有關待遇。雙方對第九次會議以來的140個合作項目進行了回顧和總結，確定對其中的118項繼續合作（其中52項重點合作，66項繼續研討）。雙方確定將生物技術和生命科學（含農業和食品技術）、信息技術（IT）、材料（納米）、環境和能源、社會基礎技術等五個領域作為今后一段時期的重點合作領域。
多年來，在中日雙方在農業和農業科技領域進行了廣泛的合作，通過互派科學家訪問、共同舉辦學術會議和技術培訓班等各種形式，取得了良好的社會經濟效益和可喜成果。中日兩國自1997年－2003年度以穩定中國主要農作物產量、開發農產品加工新技術為目的，圍繞典型地區糧食政策、農業和農村結構變化及糧食供求變化分析等7個課題,開展了長達7年各種形式的廣泛研究，在中日專家的共同努力下，項目在研究成果、人才培養、提升科研能力等方面都取得了豐碩的結果。其間，獲得科研成果18項，申報專利3項，獲得新品種保護31項。2004年9月14日，中日合作研究第二期項目簽字儀式在北京舉行，這標志著中日在農業和農業科技領域開始了為期五年的新一輪合作研究。
